К 6 годам она научилась писать, шить и вышивать, что в те времена составляло полное образование женщины. К восьми годам Хуана прочла всю библиотеку деда, включая труды по философии, богословию и медицине.

В 9 лет она рассталась с семьёй: мать отправила её в Мехико к дяде и тёте, богатым родственникам, вхожим во дворец вице-короля. По счастливой случайности они разглядели в девочке способности, предоставив Хуане возможность учиться. Новый курс самообразования включал литературу, естественные науки, математику, философию, теологию и иностранные языки. Ко всему этому Хуана выросла красавицей: светло-карие широко поставленные глаза, высокий лоб, прямой нос, изящные руки, обаятельная улыбка, живой и дружелюбный характер — всё это не могло не привлекать к ней людей.

Портрет Хуаны де ла Крус работы мексиканского художника Хорхе Санчеса Эрнандеса

В 1664 году Хуана была представлена при новом дворе и в кратчайшее время завоевала такую любовь высокой четы, что вице-королева сделала её своей первой фрейлиной. Эту должность она занимала около 5 лет. Тогда же она прославилась написанием стихов на испанском, языке ацтеков, а также на латыни. Писала она и для спектаклей, и для ночных концертов, и для церковных праздников, и для похорон.

Были у Хуаны и недоброжелатели. Однажды кто-то пустил слух, что её знания поверхностны и она умеет лишь внушать, что обладает ими. Для опровержения подобных напраслин вице-король принял решение организовать публичный экзамен. В 1664 году он пригласил ее ко двору в качестве фрейлины, а затем поручил проверить ее знания примерно 40 известным ученым, на котором Хуане задавали вопросы по всем отраслям знаний. Но она блестяще справилась с самыми каверзными заданиями.

Поклонников у Хуаны было множество, и практически все они были серьёзными претендентами на её руку и сердце. Но Хуана отказывала всем соискателям её руки. Хуана - Инес пренебрегала светскими успехами, но была безответно влюблена в какого то светского повесу. Он не отвечал ей взаимностью, имя осталось в безвестности, но возлюбленному посвящены ее бесчисленные сонеты.

Меня не любит тот, кого люблю,
я не люблю того, кем я любима;
к слезам немилого неумолима,
сама перед любимым слезы лью.

Хулящему меня любовь сулю,
хулю того, кем я боготворима,
смеясь над нелюбимым нестерпимо,
насмешки от любимого терплю.

Любя и не любя, я оскорбляю
всегда невольно одного из двух;
сама, любя и не любя, страдаю.
Пытают оба мой смятенный дух...

/перевод И. Чежеговой/

Другим она не отвечала взаимностью, дорожила свободою духа и временем для занятий, изучала музыкальную гармонию, математику, астрономию и даже механику. Писала пьесы для придворного театра, стихи на случай, изящные посвящения, баллады. Ее светские подруги, среди которых была и гордая вице – королева, Донья Ленор, даже ухитрялись издавать их, превращая в редкие сборники с виньетками и автографом поэтессы. Стихи смущали, приводили в смятение души и умы, их переписывали, заучивали наизусть, дерзко выкрадывали, восхваляя автора.

В 16 лет в августе 1667 года под давлением духовных родителей Хуана, отказавшись от замужества, сделала первую попытку уйти в монастырь. Но незадолго до этого реформированный устав обители Святого Иосифа ордена Босоногих кармелиток оказался слишком суровым для светской барышни. Она серьёзно заболела и по настоянию врачей покинула обитель спустя три месяца. Тем не менее в феврале 1669 года Хуана вступила в монастырь ордена Святого Иеронима и после короткого послушничества приняла постриг под именем Хуаны Инес де ла Крус.

Жизнь в монастыре дала сестре Хуане собственное помещение, время для учебы и писательства, а также возможность преподавать музыку и драму девочкам в школе Санта-Паулы. Она также выполняла функции архивариуса и бухгалтера монастыря. В своей монастырской келье сестра Хуана собрала одну из крупнейших частных библиотек в Новом Свете, а также коллекцию музыкальных и научных инструментов. Она смогла поддерживать контакты с другими учеными и влиятельными членами двора. Сестра Хуана разместила в своей монастырской келье с большим залом для приемов 4000 томов библиотеки, мольберты, астролябию, чертежные инструменты, составляла стихотворные сборники. Преуспела Хуана де ла Крус и в игре на музыкальных инструментах, освоила кулинарию, одарив это искусство парой уникальных рецептов.

Покровительство вице-короля и вице-королевы Новой Испании, в частности маркиза и маркизы де ла Лагуна с 1680 по 1688 год, помогало ей сохранять исключительную свободу. Они посещали ее, оказывали ей благосклонность и издавали ее работы в Испании. Со своей стороны, Хуана де ла Крус, хотя и находилась в заточении, стала неофициальным придворным поэтом в 1680-х годах. Ее пьесы в стихах, эпизодические стихи, заказные религиозные службы и сочинения для государственных праздников - все это внесло огромный вклад в мир за пределами монастыря.

Она вела обширную переписку с влиятельными людьми страны, духовными лицами и философами – богословами, которые были в восторге от ее изысканного слога, острого ума и искусства поддерживать огонь письменной беседы долгое время.

Именно искусство беседы в длинных письмах и подвело Хуану Инес. По просьбе Мануэля Фернандес де Санта-Крус, епископа Пуэблы, она решилась разобрать в письме богословский трактат-проповедь сорокалетней давности, составленный монахом иезуитом Антонио Виэйро. В результате в 1690 году Хуана разгромила проповедь по всем статьям, оставаясь в пределах изящной учтивости, отправила письмо адресату и благополучно о нем забыла. Но адресат не забыл, и, вероятно, желая проучить своенравную монахиню, опубликовал это письмо, адресованное лично ему.

В стране поднялась шумиха. Особо гневные служители Христа в мужеском обличье требовали сурово наказать излишне светскую христову сестру, предать ее едва ли не анафеме. Хуану Инес со скрытым злорадством быстро лишили права писать и заниматься науками, заставили продать огромную библиотеку, наложили на нее церковное покаяние и заставили написать письмо с извинениями и опровержением на саму себя.

В 1695 году в монастыре началась эпидемия чумы, и, ухаживая за сестрами, она заразилась сама. 17 апреля того же года Хуаны Инес де ла Крус не стало.

Памятник Хуане де ла Крус в Мадриде, дар мексиканского народа народу Испании

Сейчас она является национальным символом Мексики и мексиканской идентичности; ее бывшая обитель - центр высшего образования, а ее изображение украшает мексиканскую валюту. Сор Хуана получила новую известность в конце XX века как первая опубликованная феминистка Нового Света и как самая выдающаяся писательница испано-американского колониального периода.

Современники прозвали её «Десятой Музой» (или «Кастильской музой») и «Мексиканским фениксом». Вычурностью и туманностью стиль её произведений примыкает к так называемому «культизму». Её стихотворения выдержали несколько изданий при жизни автора и переиздаются по сей день. Известны также её светские комедии «Amor es más laberinto» и «Los empeños de una casa», а также ауто «El mártir del Sacramento San Hermenegildo» и «El cetro de José».

Фундаментальная монография о жизни, творчестве и значении сестры Хуаны принадлежит Октавио Пасу (1983, есть испанское и английское издания).

В честь Хуаны де ла Крус назван кратер на Меркурии.